El 7 de julio de 1911 se promulga la ley No 3.789 y con ella se crea la Comisión Nacional de Educación Física (C.N.E.F.), integrada por representantes de organismos públicos (Universidad, Asistencia Pública, Instrucción Primaria y Academia Militar) y miembros honorarios elegidos por el Poder Ejecutivo a través de Ministerio de Instrucción Pública.
El 3 de mayo de 1939, se creó el Curso para la Preparación de Profesores de Educación Física (hoy Instituto Superior de Educación Física dependiente de la Universidad de la República)
La organización institucional de la C.N.E.F. tuvo modificaciones por la aplicación del Decreto de Ley del 13 de diciembre de 1943, transformándose en Comisión Coordinadora de Educación Física y siendo ahora sus integrantes honorarios– además de los designados por el Poder Ejecutivo – los delegados del Ministerio de Defensa, de la Universidad del Trabajo, de los consejos de Enseñanza Primaria y Secundaria, de la Intendencia de Montevideo, del Ministerio de Salud Pública y del Consejo del Niño.
En el año 2000 a través de un acuerdo político preelectoral, la C.N.E.F. se transformó en Ministerio de Deporte y Juventud. Cinco años después, el organismo se fusionó con el Ministerio de Turismo, el área Juventud pasó a la órbita del recientemente instaurado Ministerio de Desarrollo Social, conformándose así, el Ministerio de Turismo y Deporte.
Una de sus unidades ejecutoras recibió el nombre de Dirección Nacional de Deporte, y estuvo integrada por tres directores. Un Director Nacional, un Director de Promoción Deportiva y un Director de Infraestructura.
En 2015, el Poder Ejecutivo envió al Parlamento un proyecto de ley para la creación de la Secretaría Nacional del Deporte, como órgano desconcentrado dependiente de la Presidencia de la República, redistribuyendo atribuciones y competencias.
La ley No. 19331 fue promulgada el 20 de julio de 2015 con la firma del Dr. Tabaré Vázquez y en ella se establece que la Secretaría estará dirigida por un Secretario Nacional de Deporte, un Subsecretario Nacional de Deporte, un Gerente Nacional de Deporte, un Coordinador del Área de Deporte Comunitario, un Coordinador del Área de Deporte y Educación, un Coordinador del Área de Deporte Federado y un Coordinador del Área de Programas Especiales.
Asimismo la ley le asignó la Presidencia de la Comisión Honoraria para la Prevención, Control y Erradicación de la Violencia en el Deporte, creada en el artículo 2° de la Ley N° 17.951, de 8 de enero de 2006.